九寨溝は石灰岩質の岷山山脈（びんざんさんみゃく）中、標高3400mから2000mに大小100以上の沼が連なるカルスト地形の淡水の湖水地帯である。谷はY字状に分岐しており、岷山山脈から流れ出た水が滝を作り棚田状に湖沼が連なる。水は透明度が高く山脈から流れ込んできた石灰石成分が沼底に沈殿し日中には青、夕方にはオレンジなど独特の色を放つ。また、流れに乗って運ばれてきた腐葉土に植物が生え独特の景観を見せる。ジャイアントパンダの生息地のひとつとしても有名である。 この独特の景観は水に含まれる大量の石灰岩成分によるところが大きい。棚田状の湖群の自然堤防は石灰成分の付着によって形成されたものであり、水流の中に生育する森林と言う独特の景観も石灰成分の凝固した岩に起因している。また透明度の高い湖の底に沈んだ倒木もその表面に石灰成分が付着し、いつまでもその形を留めていることも独特の景観に一役買っている。なお
九寨溝に似た景観は、同じカルスト地形であるクロアチアの世界遺産・プリトヴィツェ湖群国立公園にも見られる。 チベット人など少数民族の居住地としても知られ、「
九寨溝」の名もチベット人の村（山寨）が9つある谷であることから付けられたものである。観光道路沿いにも3つの集落があり、そのうちの1つである樹正寨は観光地となっている。また、域内にはチベット人による宗教施設（寺院・塔・マニ車（正しくはボン教のため「マシモ車」）等）が点在している。なおこの地域はチベット仏教よりもボン教が盛んで、コルラの方向やマシモ車を回す方向がチベット仏教とは反対の反時計回りである。
九寨溝内にある寺院「扎如寺」もボン教寺院でありその他の宗教施設もすべてボン教のものである。祈祷旗であるタルチョーも各所で見られるがボン教のタルチョーである。しかし日本のマスコミやガイドブックなどでは「チベット仏教」と紹介されていることが多い。 1970年代に森林伐採の労働者によって（元々居住していたチベット人以外に）偶然に発見された
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